Fundado em 30 de Julho de 1940, no âmbito das comemorações locais das Festas Centenárias com objetivos específicos de divulgação da cultura regional, o Museu Regional da Guarda, durante 43 anos, sob tutelas de caráter autárquico, não conseguiu alcançar os fins propostos na sua criação.     
De facto, a inexistência de um plano museológico, de orçamento próprio, de espaço e de pessoal qualificado, condicionaram, em muito, o desenvolvimento desta unidade museológica.
Aquando da abertura ao público em 1940, o então Museu Regional da Guarda, possuía um espólio limitado e carecido de sistematização. Contudo, foi possível reunir um conjunto significativo de objetos que permitiram a inauguração da instituição, que se defrontava, também, com graves limitações espaciais. A exposição inaugural, com cerca de 400 peças, compreendia diferentes salas temáticas: uma galeria de pintura com óleos, aguarelas, pastel, desenho e gravura; uma sala de arte religiosa com peças de arte sacra, pintura e escultura em diferentes materiais, mobiliário e paramentaria; uma sala com várias peças de cerâmica, objetos de estanho e cobre. No átrio e corredores foram expostas peças arqueológicas, mobiliário diverso e numismática. A única coleção estruturada, em termos cronológicos e tipológicos, foi a de pintura contemporânea.
Para a realização deste evento, projetado pelo advogado e político Ernesto Pereira, contribuiu o empenhamento da artista plástica Eduarda Lapa, quer com a doação de algumas das suas obras, quer com o seu empenho e dinamismo na reunião da coleção de pintura contemporânea, com a presença de alguns dos melhores pintores nacionais.
Além de Ernesto Pereira e da referida pintora, é de realçar o contributo de algumas individualidades, tais como Teodósio Ferreira, também pintor, Alfredo Filipe, advogado e mecenas desta instituição e Carlos Martins, professor e colecionador de numismática.
O único evento que ao longo dos anos se projetou com algum impacto cultural, ocorreu em 1942 e foi uma exposição de Arte Sacra. Procurando realizar um levantamento do património artístico cultural do distrito com o objectivo da sua salvaguarda, incentivou-se a sua apresentação no Museu. Os resultados não foram os previstos pois a instituição não conseguiu, desta forma, aumentar as suas coleções. Nos anos cinquenta, numa tentativa de organização do espólio, foram atribuídos nomes de patronos ou mecenas às salas, concentrando-se nelas as obras de autoria, no caso de pintores, ou as de coleções, no caso de doadores. As salas Eduarda Lapa, Teodósio Ferreira, Henrique Pimenta e Eduardo Malta foram exemplo dessa inovação museográfica que, no entanto, poucos benefícios aportou ao discurso museológico.
Posteriormente, no início dos anos sessenta, já sob a tutela da Junta Distrital da Guarda, o espaço físico do Museu foi ampliado, possibilitando o aumento da área de exposição, bem como a duplicação do número de peças expostas. Neste período, a coleção do Museu vê enriquecer o seu acervo com a aquisição de objetos de arte, com a doação de António Moura de uma coleção de armaria e com parte do espólio do poeta Augusto Gil. 
Como consequência, o número de salas patronizadas aumentou e foi, também, nesta altura que a sala Dr. Alfredo Filipe foi criada prestando-se então homena­gem e reconhecimento ao contributo e dedicação que este sempre manifestou à instituição.
O atual Museu da Guarda é herdeiro do Museu Regional da Guarda.
Com efeito, em 1983, esta instituição sofre uma profunda remodelação com vista ao cumprimento efetivo da sua função museal, através da intervenção do Instituto Português do Património Cultural, no âmbito da aplicação de uma nova política inserida no Plano Museológico Nacional, que pretendia a qualificação do tecido museológico do País. Abriu ao público em 24 de Junho de 1985, sob a designação de Museu da Guarda e na dependência técnica e administrativa daquele Instituto. Além do aumento das instalações, da definição dos seus objetivos, da atribuição de um orçamento e de um quadro de pessoal, o plano museológico, segundo o conceito de museu de região, visou a promoção e divulgação do Museu da Guarda, e permitiu que este passasse a desempenhar um novo papel sobretudo no âmbito da sua prestação social, cultural e educativa, afirmando­-se como uma entidade representativa do distrito.